Bijna altijd wordt de CML vastgesteld tijdens de chronische fase die zonder behandeling jaren kan duren. Na het vaststellen van de ziekte wordt behandeld met de eerste keus middelen (TKI's): imatinib, nilotinib of dasatinib. Dit noemen we de eerste lijn van behandeling. Heb je veel last van bijwerkingen dan kan dat een reden zijn om te wisselen van TKI. Wordt er gewisseld van TKI omdat het middel onvoldoende effect heeft dan kom je in de zogeheten tweede lijn behandeling. Patiënten die een zogenoemde "diepe moleculaire respons" bereiken (BCR-ABL onder de 0.01%) hebben een zelfde levensverwachting als mensen zonder CML.

Een enkele keer bij diagnose van de ziekte maar ook na verloop van tijd kan de ziekte zich verergeren (geaccelereerde fase). Uiteindelijk kan dit tot een overmatige productie van onrijpe bloedcellen komen (blastische fase). Deze blasten verdringen in het bloed de normale bloedcellen.